在土地增值税清算过程中，发现纳税人符合核定征收条件的，应按核定征收率原则上不低于5%对房地产项目进行清算。

在土地增值税清算中，符合下列条件之一的，可实行核定征收：

1、依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；

2、擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；

3、虽然设置账簿，但账簿混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；

4、符合土地增值税清算条件，企业未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；

5、申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。

符合核定征收条件的，由主管税务机关发出核定征收的税务事项告知书，税务人员对房地产项目开展土地增值税核定征收核查，经主管税务机关审核合议，通知纳税人申报缴纳应补缴税款或办理退税。